Très tôt, il semble que Gustave Moreau se soit posé la question du sort de son œuvre. En 1862, encore inconnu, il note cette réflexion au bas d’un croquis : « Ce soir 24 décembre 1862. Je pense à ma mort et au sort de mes pauvres petits travaux et de toutes ces compositions que je prends la peine de réunir. Séparées, elles périssent ; prises ensemble, elles donnent un peu l’idée de ce que j’étais comme artiste et du milieu dans lequel je me plaisais à rêver ? » © RMN-GP
Il conserve avec lui la plupart de ses peintures, les travaillant sans cesse et les entassant dans la petite maison du 14 rue de La Rochefoucauld. Dans cette maison modeste acquise en 1852 où il avait vécu avec ses parents puis seul, l'artiste avait un petit atelier au troisième étage.
En avril 1895, Moreau demande à l’architecte Albert Lafon de transformer la maison familiale en musée.
Le legs étant accepté par l’Etat en 1902, le musée Gustave Moreau ouvre ses portes en 1903. Sa muséographie est restée inchangée depuis.
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